伊江島へのアクセスはフェリーのみ。那覇空港からの場合はバスやレンタカーなどでフェリー乗り場（本部港）までアクセスし、そこから伊江島まで渡ります。
那覇空港から本部港（もとぶこう）へ
急行バスで行く（1,890円/２時間）
那覇空港に11時半までに到着する場合は、やんばる急行バスが便利です。本部港まで一番安く・早く・簡単に行くことができます。
那覇空港バスターミナルのバスのりば２から運天港方面行きに乗車し、本部港で下車します。１日６便運行し、乗り換えもなく料金は1,850円と高速バスや路線バスより安いです。
ただ、フェリーの出港時刻（最終が16:00）を考えると、飛行機の到着時間にもよりますが乗れるのは12:00発のバスのみとなるでしょう。
高速or路線バスで行く（2,600円～/２時間10分～）
時刻的にやんばる急行バスの利用が難しい場合は、高速バスや路線バスがおすすめ。名護バスターミナルで１度乗り換えが必要になりますが本数も多いです。
高速バスの場合は、料金が2,190円、所要時間は約１時間40分です。路線バスの場合は、料金が2,000円、所要時間は約２時間30分です。
名護バスターミナルからは、沖縄バス/琉球バスの本部半島線（路線番号：65番）に乗車し、本部港で下車します。所要時間は約36分、料金は710円です。
※沖縄の路線バスの乗り換え・時刻表検索はバスなび沖縄が便利です。
URL:バスなび沖縄
レンタカーで行く
港に無料の駐車スペースがあるので、日帰り観光をする場合はレンタカーもおすすめ。ただ、シーズン中は駐車スペースがいっぱいになることもあるので問い合わせは必須です。
那覇空港から本部港へは、一般道を利用するルートと有料の沖縄自動車道を利用するルート（約１時間半）などがあります。
本部港から水納島へ
カーフェリーが、１日４便、夏・冬の期間限定で５～８便運行しています。料金は片道720円、往復1,370円で、所要時間約30分です。時期によって時刻が違ってくるので時刻表の確認は必須です。
